owstanie i początkowa działalność zakonów militarnych wywodziła się z potrzeby ochrony i opieki nad pielgrzymami
udającymi się do Ziemi Świętej oraz z pragnienia wielu rycerzy pozostania mnichami. W ten sposób zrodził się zakon
pod wezwaniem świętego Jana, wywodzący się z bractwa charytatywnego założonego w 1070 r przez kupców włoskich.
Pełna nazwa zakonu brzmiała – Rycerze Szpitala Jerozolimskiego św. Jana Chrzciciela. Potocznie zakonników zwano
szpitalnikami lub joannitami.
Wraz z rozwojem liczebnym zakonu, zaczęła zmieniać się forma działalności. Najprawdopodobniej Wielki Mistrz Rajmund du Puy (1120-1160), który doprowadził bractwo do rozkwitu, nie widział jeszcze w joannitach organizacji łączącej funkcje wojskowe i szpitalnicze. Konwojowanie chorych pielgrzymów do szpitali w Jerozolimie czy innych miastach, w terenie otoczonym przez muzułmanów i pełnych różnych band, wymagało jednak od konwojujących posiadania broni, co poniekąd wyznaczyło dalszą drogę rozwoju. Także sytuacja Królestwa Jerozolimskiego przyspieszyła zmianę charakteru bractwa. Utrzymanie stałej armii przez Królestwo Jerozolimskie było bardzo uciążliwe. Nieliczne oddziały stałe złożone były głównie z najemników. Rycerstwo walczyło zazwyczaj sezonowo i na okres żniw powracało do domostw. W tej sytuacji zakony militarne dostarczały niemal jedynych stałych, zawodowych jednostek, pilnujący granic przez okrągły rok.
Joannici okazali się bardzo pomocni dla krzyżowców przy podboju Palestyny. Znali dobrze kraj i jego mieszkańców, przez co dostarczali bardzo ważnych informacji wywiadowczych jak i cennych rad. W 1126 r bractwo joannitów posiadało już urzędnika odpowiedzialnego za sprawy wojskowe, które wówczas były jednakże bardzo poboczne. Joannici posiadali jednak już wówczas pewną siłą militarną, gdyż są wzmiankowani, że brali aktywny udział w wyprawie krzyżowców na Askalon (1128 r.). Popularność innego militarnego bractwa – templariuszy - wśród instytucji świeckich i kościelnych, jako zakonu wojującego, z pewnością wpłynęła na przeobrażenia w zakonie joannitów. Rola doradcza joannitów musiała być duża od roku 1140, kiedy Rajmund de Pju uczestniczył w naradzie wojennej armii krzyżowców przekonując jej dowództwo do swojego (nieszczęsnego zresztą) planu ataku na Damaszek.
Krzyżowcom nie udało się pokonać muzułmanów i oprzeć swoich państw na naturalnych i trudnych do przekroczenia granicach pustynnych. Oznaczało to również chrześcijańscy władcy nie posiadali wystarczającego terenu do rekrutacji i utrzymania własnych, silnych armii. Przez cały okres istnienia państwa krzyżowców musiały więc polegać na najemnikach i zakonach militarnych. Zakony joannitów i templariuszy łącznie wystawiały siły równe oddziałom zwoływanym przez panów Królestwa Jerozolimskiego i pozostałych państewek krzyżowców. Obydwa zakony aktywnie rekrutowały nowych żołnierzy w całej zachodniej Europie do walki w Ziemi Świętej, poprzez swoje posiadłości europejskie. Obydwie organizacje konkurowały w tym procesie ze sobą.
Sami bracia - rycerze byli bardzo nieliczni (około 300 w ciągu całego XIII w.), i stanowili raczej korpus oficerski, dowodzący oddziałami krzyżowców, najemników i turkopolów walczących pod sztandarem Zakonu. Żołnierze dowodzeni przez joannitów stanowiły w ogromnej mierze oddziały jazdy. Cechowała ich ogromna dyscyplina i zgranie wojskowe, co było cechą rzadką wśród pozostałych wojsk chrześcijańskich. Sami rycerze zakonu byli nieustraszonymi wojownikami, budzącymi strach i respekt nawet wśród wrogów. Nie jest dziełem przypadku, że po przegranej przez krzyżowców bitwie pod Hattii (1187 r.) joannici i rycerze innych zakonów militarnych, jako jedyni stracili życie w egzekucjach. Ich wyszkolenie i determinacja w walce zostały uznane przez Saracenów za zbyt niebezpieczne aby pozostawić jeńców zakonnych przy życiu. Niejednokrotnie nadgorliwość rycerzy zakonnych doprowadzała do rozłamu szeregów armii krzyżowców, gdyż joannici chcieli szybko ruszać do walki. Czasami to szaleństwo przynosiło efekty, i armie muzułmańskie ponosiły porażki. Muzułmanie określali przez to zakonników jako szaleńców lub szaleńców w czerwieni (odnosząc nazwę do koloru płaszcza).
Obsadzanie twierdz stało się jednym z głównych zadań wojskowych zakonu. Utrzymanie zamków było bardzo drogie co było główna przyczyną przekazywania twierdz w ręce coraz bogatszych zakonów. Początkowo pięć twierdz chrześcijańskich zostało obsadzonych przez joannitów, w tym potężna forteca Crac des Chevaliers. W połowie XIII w, szczytowym okresie dla zakonu, 26 punktów obronnych znajdowało się w rękach joannitów (łącznie w różnych okresach 59 warowni). Joannici okazali się specjalistami w budowie nowych i wzmacnianiu starych zamków. Korzystając ze sztuki bizantyjskiej w tej dziedzinie, wzmacniano twierdze pierścieniem podwójnych murów, wykorzystując przy tym udogodnienia terenowe. Niektóre z tych warowni przetrwały kilkunastomiesięczne oblężenia.
Wyglądem i uzbrojeniem joannici nie różnił się specjalnie od innych rycerzy Królestwa Jerozolimskiego. W bitwie, o ile był rycerzem (a nie mniej zasobnym bratem służebnym czy giermkiem) rycerz - zakonnik uzbrojony był w kolczugę, splecioną z setek stalowych kółeczek o połączonych końcach. Łatwo rozgrzewającą się w słońcu stalową siatkę przysłaniała lekka tkanina. Na takiej wierzchniej tunice czerwonej barwy rycerze zakonu nosili biały łaciński krzyż. Głowa chroniona była przez kolczegy kaptur, później garnkowaty hełm, osłaniany od słońca chustą. W boju zakonnicy walczył długim i ciężkim mieczem, który miał dla rycerza również istotne znaczenie symboliczne. Uzupełnieniem była włócznia jako broń pierwszego starcia. Do ochrony służyła migdałowata, później trójkątna tarcza. Dosiadał ciężkiego, przywiezionego z Europy konia.
Ważną rolę w walce spełniał koń, który powinien był jak najbardziej wytrzymały i odpowiednio ciężki aby unieść rycerza i zanieść trud długich podroży i samej walki. Rumaki joannitów były jednymi z najlepszych koni wśród europejskiego rycerstwa. Ciężkie konie bojowe szkolone były również do walki, gryząc i kopiąc przecinków (podobnie jak u templariuszy). Według zakonnych przepisów rycerz miał prawo do posiadania dodatkowo trzech koni i giermka który również był chroniony przez ciężką zbroję.
Wojsko joannitów, podobnie jak innych zakonów, faktycznie nie było armią poddanych (wasali) króla jerozolimskiego, ale jego sojusznikiem w walce. Było to kolejnym dowodem siły zakonów. W prawdzie za ogromne koncesje terytorialne joannici dopisali umowę wasalną w zamian za dostarczanie 500 rycerzy i 500 turkopoli na wyprawę egipską (1168 r.), ale pozycja ich była nadal silna względem władz królestwa. Pomimo klęski pod Hattii i dużych strat w szeregach zakonu (230 poległych rycerzy - zakonników), oraz nieudanej wyprawy do Egiptu, rola polityczna i wojskowa joannitów i templariuszy uległa wówczas zwiększeniu w coraz słabszym królestwie jerozolimskim. Polegli zakonnicy zostali ogłoszeni męczennikami za wiarę i osiągnęli chwałę chrześcijańskiego wojownika. Wzmocniło to reputację zakonów militarnych. Nieudana wyprawa do Egiptu i porażka pod Hattii, doprowadziła jednak ogromnych kłopotów finansowych i coraz większych problemów rekrutacyjnych wśród joannitów. Ostateczna klęska krzyżowców była tylko kwestią czasu. Po upadku ostatniej twierdzy w Ziemi Świętej (Akka-1291) joannici przenieśli się na Cypr.
