ieki IX i X nie był czasem łatwy dla świata arabskiego. Arabowie przestali odnosić błyskotliwe zwycięstwa, rozbita została ich jedność a państwo ogarnęły liczne walki ambitnych pretendentów darzących do władzy na rządem muzułmańskich dusz. Burzliwe koleje losu targające Bliski Wschodem, nie ominęły Egiptu, który w 969 r. został podbity przez kalifa dynastii szyickich Fatymidów wywodzących się z Tunezji.
Pod rządami Fatymidów Egipt stał się centrum imperium, które obejmowało w szczytowych częściach Afryki Północnej, Sycylii, Jordanii, Lewantu, wybrzeży Morza Czerwonego Afryki, Tihamah, Hejaz, Jemen, a jego najbardziej odległym zasięgiem terytorialnym jest Multan (we współczesnym Pakistanie). Egipt rozkwitł, a Fatymidowie rozwinęli rozległą sieć handlową zarówno na Morzu Śródziemnym, jak i na Oceanie Indyjskim. Ich powiązania handlowe i dyplomatyczne, rozciągała się aż do Chin. Koncentracja Fatymidów na rolnictwie jeszcze bardziej zwiększyła ich bogactwa i pozwoliła dynastii i Egipcjanom rozkwitnąć pod ich rządami.
Przez pewien czas zwycięstwa na polu bitwy były możliwe przede wszystkim dzięki zbrojnemu wsparciu wojowniczych Berberów, zwłaszcza z plemienia Kutama, którzy na początku X wieku utworzyli koalicję z szyickimi Fatimidami przeciwko sunnickim Aghlabidom, którzy rządzili Ifriqiya (arabska Afryka) i popierali Abbasydów. Kutama stali się zaciekłymi obrońcami Fatimidów. Stolica kalifatu w 973 r. została przeniesiona do nowo założonego miasta Kairu (al.-Kahira - ,,Zwycięstwo”) W okolicach stolicy stacjonowały doborowe oddziały berberskie, które nowi władcy Egiptu przyprowadzili ze sobą. Pomimo iż plemieńcy stanowili ostoję militarną ich władztwa, kalifowie fatymiddzcy posiadali do dyspozycji zróżnicowaną pod kątem uzbrojenia i narodowości armię. W pierwszych dziesięcioleciach Fatymidzi próbując naśladować tradycyjną abbasydzką organizację wojsko, utrzymywali liczną konnicę, która składała się przede wszystkim z rodowitych Arabów, którzy zachowywali swój strój i uzbrojenie. Nosili oni białą, pofałdowaną, grubą szatę i turban. Ochronę przed bronią wroga miała stanowić skórzana tarcza o kształcie kolistym. Niektórzy jeźdźcy dysponowali tarczami z wikliny lub trzcinowej plecionki. Ponieważ powyższe materiały mogą, w najlepszym przypadku chronić wojownika przed strzałami lub lżejszymi ostrzami, najbardziej cenione, choć nie powszechnie używane, były tarcze z pancerza żółwia lub grubej skóry nosorożca. Arabscy jeźdźcy rozlokowani byli w najbardziej strategicznych miejscach państwa tj. północnym Egipcie oraz Syrii.
Podstawą armii fatymidzkiej byli jednak północnoafrykańscy Berberowie, dzięki którym zdobyli władzę w Egipcie. Silna pozycja polityczna i wojskowa Berberów, nie przypadała do gustu Fatymidom, rozpoczęli oni równoważenie ich pozycji poprzez ściąganie z zagranicy najemników oraz tworzenie podległych bezpośrednio swojej władzy oddziałów niewolników. Byli to mamelukowie, głownie pochodzenia tureckiego oraz czarnoskórzy afrykańscy wojownicy. Dotychczasowe oddziały berberskie utraciły swoją uprzywilejowaną pozycję, podobnie jak żołnierze pochodzenia arabskiego. Silne natomiast pozostały wypływy żołnierzy tych nacji we flocie wojennej. Istniała także druga bardzo ważna przyczyna zmian jakie zaszły w wojskowości państwa kalifów egipskich. Mianowice, jako jedni w pierwszych na Bliskim Wschodzie docenili potrzebę posiadania armii zawodowej. Wymagania jakie stawały przed armiami były tak wysokie, że liczne, ale gorzej wyszkolone straże miejskie oraz oddziały plemienne, nie mogły im sprostać. Wnioski wyciągnięte z walk z Turkami Seldżuckimi w Syrii oraz kalifatem abbasydzkim, który podsiadał – jaki pierwszy w historii – w swoich szeregach wojowniczych żołnierzy-niewolników (mameluków), posłużyły do reformy armii. Mamelukom nie oparły się ich oddziały jazdy berberskiej i arabskiej a straże miejskie nie zawsze były wstanie obronić swoje siedziby. Rozwiązanie okazało się stworzenie własnych oddziałów żołnierzy-niewolników. Reformę wojskową rozpocząć Abu Mansura Nizara al-Aziza (975-996) na którego okres panowania przypada szczyt potęgi państwa, które swoją siłą dorównywało kalifatowi Abbasydów. . Al-Aziz zaczął wprowadzać najemników z islamskiego Wschodu, zwłaszcza Turków. Na zwiększą liczbę memeluków – pomimo posiadania odpowiednich funduszy z posiadania bogatego Egiptu i handlu morskiego – Fatymidzi nie mogli jednak liczyć. Turcy utrudniali możliwości rekrutacji elitarnych rekrutów, w związku z czym armia była mieszaniną najemników i niewolników. Jednostki wojskowe były generalnie rozdzielone wzdłuż linii etnicznych, dlatego Berberowie byli zwykle lekką kawalerią i harcownikami piechoty, a Turcy byli konnymi łucznikami lub stanowili ciężką kawalerię (Mamelukowie). Czarni Afrykanie, Syryjczycy i Arabowie na ogół działali jako ciężka piechota i piesi łucznicy.
Piechota składa się głównie z czarnoskórych wojowników Nubijczyków, Erytrejczyków i Etiopczyków zwanych w źródłach arabskich pod wspólną nazwą Sudani. Afrykańscy wojownicy dzięki wysokiej lojalności wobec dynastii, tworzyli również straż pałacową. Piechurzy rekrutowani byli także z grona niewolników słowiańskich i bizantyjskich.
W szeregach armii służyli także, jako jazda i piechota walcząca łukami, Ormianie, którzy sami musieli uciekać przed Turkami Seldżuckimi. Nieliczne, ale cenione oddziały armii egipskiej stanowili takżer Dajlamitowie, wojowniczy i odważny ludu, który słynął z bardzo dobrych piechurów. Ten górski naród miał długą historię działalności wojskowej sięgającą okresu imperium Sasanidów gdzie odgrywał rolę najemników zadając armiom arabskim atakującym Persję duże straty. Podczas bitwy Dajlamici zwykle nosili miecz, tarczę i trzy włócznie. Co więcej, byli również znani z tworzenia ogromnej formacji tarczowników, którą trudno było przebić. W Egipcie tworzyli oni najprawdopodobniej oddział naffatun – łuczników używających płonących strzał i włóczni. Sami Fatimidzi chętnie widzieli Dajlamitów w szeregach swojej armii, ponieważ tak jak i dynastia rządząca Egiptem byli oni szyitami.
Kalifat egipski preferował więc mniej liczną ale lepiej wyszkoloną i uzbrojoną armię. W szczytowym okresie wojsko liczyło kilkadziesiąt tysięcy żołnierzy.
Kryzys państowy i wojskowy
Mozaika narodowościowa armii nie tylko nie wzmocniła pozycji władców ale ostatecznie doprowadziła do ich upadku. Osłabiając pozycję Berberów mamelukami Fatymidzi nadawali dowódcom wojskowym ziemie (ikta) z domen państwowych, początkowo tymczasowo, aż pod koniec panowania dynastii faktycznie stały się one domenami dziedzicznymi. Podobnie jak w państwie Abbasydów czy innych arabskich krainach, nastąpił ogromny wzrost gwardii mameluków czego następstwem było uzależnienie pozycji kalifa od dowódców gwardii mameluków. Na porządku dziennym były rozruchy i starcia pomiędzy poszczególnymi grupami narodowościowymi. Przyjęcie systemu ghilman miało dalekosiężne konsekwencje, ponieważ turecki ghilman zajął wysokie stanowiska w państwie i zaczął rywalizować z Berberami o wpływy, zwłaszcza że napływ nowych rekrutów z ojczyzny ograniczył się a od 988 nastąpił nawet ich duży odpływ. W konsekwencji rozwinął się ostry antagonizm między obiema grupami, zwanymi odpowiednio Maghariba („mieszkańcami Zachodu”) i Mashariqa („mieszkańcami Wschodu”), który uwidocznił się po śmierci al-Aziza. Chociaż wieloetniczna armia odnosiła generalne sukcesy na polu bitwy, zaczęła mieć negatywny wpływ na wewnętrzną politykę. Po śmierci obłąkanego kalifa AL-Hakima (1073 r.) w Egipcie i armii doszło do zupełnej anarchii. W wyniku wewnętrznych walk Egipt został rozbity. Tradycyjnie element armii berberyjskiej, miał największy wpływ na sprawy polityczne, ale gdy element turecki stał się silniejszy, pozycja Berberów została zakwestionowana. Do znaczenia próbowali także dojść żołnierze z Czarnej Afryki. Poszczególne części zostały opanowane przez różne grupy wojska: Berberowie zajęli Deltę Nilu, Turcy – Kair, czarnoskórzy – Dolny Egipt.
Kryzys polityczo-wosjkwy w strukturach państwa zbiegł się w czasie z problemami gospodarczymi i zmianie sytuacji państwa na arenie międzynarodowej. Pod udanych wyprawach zbrojnych krzyżowcy usadowili się w nadmorskiej części Syrii, zdobywając Jerozolimę dla chrześcijaństwa. Wraz z opanowaniem przez Normanów Sycylii (1071 r.) Egipt utracił soją pozycję handlową na Morzu Śródziemnym na rzecz miast włoskich.
Pomimo iż Fatymidom udało się opanować sytuację, kraj oraz ich pozycja zostały bardzo osłabione. W latach 40 XI w wieku gubernatorzy Afryki Północnej zadeklarowali swoją niezależność od Fatimidów i uznanie kalifów sunnickich Abbasydów z Bagdadu, co doprowadziło Fatimidów do rozpoczęcia niszczycielskich inwazji Banu Hilal w Afryce Północnej. Po 1070 r. pozycja Fatimidowie została zagrożona na wybrzeżu Lewantu i części Syrii najpierw przez inwazje tureckie, a następnie krucjaty, tak że terytorium Fatimidów skurczyło się aż od momentu kontolowania tylko Egiptu. Fatimidzi stopniowo stracili Emirat Sycylii na rzecz Normanów którzy do 1091 roku całkowicie opanowali wyspę.
Władanie Fatymidów przetrwało do 1171 r. w którym to roku władzę w przejęła dynastia Ajjubidów, która rządziła w latach 1171-1250.